Η παρακολούθηση της ποιότητας των υδάτων του Δέλτα παρακολουθείται μέσω του δικτύου των επτά αυτόματων σταθμών μέτρησης του Φορέα Διαχείρισης. Οι τέσσερις σταθμοί είναι εγκατεστημένοι από το 2004 και οι υπόλοιποι τρεις από το 2009.Τα στοιχεία που καταγράφουν οι σταθμοί καταχωρούνται σε ηλεκτρονική βάση δεδομένων στο Κέντρο Πληροφόρησης, σε καθημερινή βάση.

Η ανάπτυξη και αναβάθμιση της βάσης δεδομένων παρακολούθησης των ποιοτικών χαρακτηριστικών των υδάτων του Δέλτα Έβρου έχει διαχρονική αξία για την επιστημονική παρακολούθηση των σημαντικών ειδών και οικοτόπων που προστατεύονται στην ευρύτερη προστατευόμενη περιοχή του Δέλτα του Έβρου.

Στο πλαίσιο αυτό παρακολουθούνται και αξιολογούνται οι διακυμάνσεις των φυσικοχημικών παραμέτρων που προκύπτουν από τις μετρήσεις που γίνονται από τους επτά αυτόματους σταθμούς δειγματοληψίας που λειτουργούν στο Δέλτα Έβρου.